環(huán)狀DNA蛋白質(zhì)復(fù)雜的爭論
萊斯大學(xué)生物物理學(xué)家有一個新的細(xì)胞力學(xué)理論,戒指真的。何塞Onuchic大米實(shí)驗(yàn)室決定condensin蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)復(fù)雜。工作解決爭議是否復(fù)雜的是一個戒指,套索兩雙股DNA或分子“桎梏”由兩個連接環(huán),每個爭論一個雙鏈。
達(dá)納Krepel大米博士后研究員領(lǐng)導(dǎo)的研究小組使用一套先進(jìn)的分析工具,使電話:這是一個環(huán)。他們的工作是第一步理解蛋白質(zhì)的活動結(jié)構(gòu)的染色體在有絲分裂和細(xì)胞生命周期的所有階段。這將幫助科學(xué)家理解學(xué)習(xí)如何更好的治療遺傳疾病,包括癌癥。
水稻團(tuán)隊的為期兩年的研究結(jié)果發(fā)表在《美國國家科學(xué)院院刊》上。
Condensin做這個詞表明:它有助于染色體濃縮到細(xì)胞核。最近的研究表明,condensin及其蛋白質(zhì)伙伴cohesin擠出DNA。但直到現(xiàn)在,沒有人在如何解決condensin蛋白質(zhì)聚集到他們的功能形式。
Krepel開始分析細(xì)菌condensin復(fù)合體由五個單元組成,包括兩個染色體結(jié)構(gòu)的維護(hù)(SMC)蛋白質(zhì)一起作為一個鉸鏈和長kleisin蛋白質(zhì)組成的戒指。復(fù)合物在人類真核細(xì)胞核——未來的目標(biāo)分析——類似于更古老的同行。
Krepel拼圖拼湊起來通過結(jié)合和比較現(xiàn)有數(shù)據(jù)的原子結(jié)構(gòu)和個人的基因序列的蛋白質(zhì)??捎玫慕Y(jié)構(gòu)來自x射線結(jié)晶學(xué)的蛋白質(zhì)片段,通過直接耦合分析和序列信息(DCA),樂此不疲程序Onuchic和他的同事在2011年提出的共同進(jìn)化的蛋白質(zhì)的氨基酸殘基進(jìn)行了比較。
“我們使用DCA來推斷共同進(jìn)化對氨基酸,我們有一些蛋白質(zhì)片段實(shí)驗(yàn),“Krepel說。“這是一個很好的起點(diǎn),然后我們不得不把它們放在一起就像一個謎。我們想要得到一個完整的結(jié)構(gòu)和解決沖突是否它是一個單引號或雙戒指。”
了解蛋白質(zhì)一起發(fā)展是關(guān)鍵。“這是一個模塊化機(jī)制由許多蛋白質(zhì),“大米博士后研究員和作者米歇爾·迪Pierro說。”一個蛋白質(zhì)更容易結(jié)晶,但很難算出整個復(fù)雜的結(jié)構(gòu)。這就是為什么它是理想的共同進(jìn)化,它可以讓我們得到的信息結(jié)構(gòu)復(fù)雜,即使我們沒有。”
“共同進(jìn)化是自然選擇,”瑞安說,博士后研究員和論文的合著者。“隨著隨機(jī)突變,某些交互需要保存保持功能的復(fù)雜。”
“我們預(yù)計,這兩個殘基聚在一起比賽,他們會一起發(fā)展,“Onuchic說。“如果這一突變,不良反應(yīng),另一個補(bǔ)償。Dana問我們能得到這個序列信息與小晶體結(jié)構(gòu)和確定這些巨大的結(jié)構(gòu),結(jié)果我們可以。”
Onuchic集團(tuán)在賴斯理論生物物理學(xué)中心(聯(lián)合體)發(fā)表了一系列論文,對蛋白質(zhì)折疊的理論擴(kuò)展到更大的基因組。他預(yù)計持續(xù)工作最終會揭示condensin的機(jī)制。“這些東西必須凝結(jié)染色體,”他說。“人們知道。但是沒有人知道它們是怎么做到的。”
Onuchic說研究表明,柔性鉸鏈可以幫助打開和關(guān)閉,作為一個大門,允許DNA鏈,也暗示的水稻研究過程。但不知道每個分子的位置復(fù)雜,沒有辦法完全理解它的功能和動態(tài)。
“我們知道condensin復(fù)雜,因?yàn)槿绻銊h除它,有絲分裂不會發(fā)生,”他說。“但沒有人理解機(jī)制?,F(xiàn)在我們有了這個結(jié)構(gòu),我們有了第一次理解分子細(xì)節(jié)。”
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